Biologi, juga dikenal sebagai ilmu kehidupan, adalah salah satu cabang inti pengetahuan. Ini berkaitan dengan proses vital organisme hidup. Sejarah penelitian dan pengembangan di bidang ini cukup kuno. Dengan perkembangan teknologi komputer, manusia telah menciptakan beberapa kemajuan nyata di bidang ini. Dari menaklukkan penyakit mematikan hingga memecahkan misteri organisme hidup, komputer adalah pendamping yang hebat bagi para ahli biologi. Ada banyak alat biologi sumber terbuka yang tersedia di luar sana. Linux adalah sistem operasi sumber terbuka yang sangat dapat disesuaikan yang disukai oleh banyak peneliti. Jadi, jika Anda seorang ahli biologi atau penggemar biologi amatir yang mencari beberapa perangkat lunak biologi Linux, Anda mungkin ingin mencoba alat biologi untuk PC Linux ini untuk mendapatkan hasil maksimal dari studi atau penelitian Anda.
Alat Biologi Terbaik untuk Linux
Beberapa orang memiliki kesalahpahaman umum bahwa Linux tidak memiliki perpustakaan perangkat lunak yang besar. Namun Anda akan terkejut bahwa dalam kategori perangkat lunak berbasis pendidikan dan penelitian, Linux masih belum terkalahkan. Itu karena sebagian besar ilmuwan dan peneliti mendukung gerakan perangkat lunak sumber terbuka.
Karenanya Anda mendapatkan banyak koleksi alat biologi untuk Linux. Mereka gratis dan tidak kurang dari perangkat lunak berbayar mana pun. Di sini saya telah membuat daftar pilihan dari 15 alat dari berbagai jenis agar tidak perlu repot menemukannya. Jika Anda membaca artikel lengkap ini, saya harap Anda akan menemukan perangkat lunak terbaik untuk sistem Linux, yang sesuai dengan kebutuhan Anda.
1. EMBOSS
Penjelasan dari nama software tersebut adalah European Molecular Biology Open Software Suite. Ini adalah alat biologi sumber terbuka untuk Linux yang dibuat untuk orang-orang yang tertarik di bidang biologi. EMBOSS adalah alat analisis sekuensial yang kuat. Ini adalah paket alat yang agak lengkap sehingga fitur dan kemungkinan alat ini tidak dapat dijelaskan.
Fitur Utama EMBOSS
- Ini dapat dengan cepat merayapi dan mengambil data berurutan dari web.
- EMBOSS digunakan untuk penyelarasan urutan, identifikasi motif protein, analisis pola urutan nukleotida, dll.
- Memiliki pustaka bawaan untuk merilis alat sumber terbuka baru.
- Alat presentasi lanjutan disertakan dengan ini untuk publikasi cepat dari data yang diambil.
- Itu dapat melakukan penanganan string, pencocokan pola, pemrosesan daftar, dan pengindeksan basis data menggunakan pustaka pemrograman tambahan.
- Fitur integrasi berguna untuk menyinkronkan dengan alat populer lainnya.
2. NAMD
NAMD adalah program simulasi yang dikembangkan khusus untuk mensimulasikan sistem biomolekul besar. Alat biologi untuk Linux ini sangat kuat sehingga dapat memproses jutaan atom sekaligus secara paralel. Charm++ adalah bahasa berbasis C++ yang digunakan untuk menulis program ini. NAMD menggunakan lingkungan runtime bernama Converse untuk dijalankan pada sistem berbasis cluster paralel, yang membantu memproses data biologis dalam jumlah besar sekaligus.
Fitur Utama NAMD
- Simulasi struktur molekul disusun dengan menggunakan Visual Molecular Dynamics.
- Ini mendukung berbagai jenis file input, termasuk X-PLOR, CHARMM, AMBER, dll.
- NAMD menggunakan integrasi beberapa langkah waktu untuk analisis numerik.
- Pengguna dapat memilih dari berbagai opsi simulasi dinamika.
- Ini mendukung pemrosesan yang dipercepat GPU.
- Alat ini mendukung pengambilan sampel payung berbasis Replika melalui modul variabel kolektif.
3. GROMACS
GROMACS bukan hanya alat simulasi biologis lainnya; sebaliknya, ini adalah paket perangkat lunak lengkap dengan alat bangunan dan analisis terintegrasi. Alat biologi serbaguna untuk Linux ini dapat melakukan analisis dan simulasi untuk ribuan hingga jutaan partikel biologis. Itu terutama dikembangkan untuk analisis bahan kimia biologis seperti protein dan lipid. Tapi sekarang, ini juga digunakan di bidang penelitian non-biologis.
Fitur Utama GROMACS
- Alat ini dua hingga tiga kali lebih cepat daripada pesaingnya.
- Kode perangkat lunak sangat dioptimalkan untuk pemrosesan data yang lebih cepat.
- Gromacs cukup mudah digunakan. Kode kesalahan ditulis dengan teks biasa agar lebih mudah dipahami.
- Panduan pengguna lengkap untuk alat ini tersedia gratis dalam format e-paper.
- Itu dapat menyimpan data lintasan dalam metode yang ringkas.
- Ini memiliki beberapa alat terintegrasi untuk analisis lintasan. Pengguna tidak perlu menulis kode apa pun untuk tujuan ini.
- Menampilkan pembuat topologi yang sepenuhnya otomatis untuk protein, yang sangat berguna.
4. VMD
VMD adalah program visualisasi bio-molekul canggih yang dikembangkan untuk Linux. Program visualisasi molekuler terutama merupakan program untuk menampilkan data molekuler dengan grafik 3D. VMD dapat membaca dan menganalisis file PDB atau Protein Data Bank dan menampilkannya secara grafis terstruktur. Ia bahkan dapat mensimulasikan molekul untuk berbagai kondisi dan kasus. Oleh karena itu, ini telah menjadi program yang sangat berguna bagi para peneliti biologi yang mendalam.
Fitur Utama VMD
- Ini dapat memanfaatkan daya GPU eksternal komputer.
- Pengembang belum menerapkan batasan apa pun untuk jumlah molekul atau parameter lainnya. RAM adalah batas Anda!
- Pengguna dapat dengan mudah membuat file PDF dari keluaran 3D standar dengan alat bawaan.
- VMD dapat memanfaatkan sistem tampilan stereo asalkan Anda memilikinya.
- Pustaka lengkap pembaca file bawaan mendukung hingga 60 format file berbeda.
- Peneliti dapat menulis perintah rutin mereka menggunakan bahasa Tcl.
5. simuPOP
SimuPOP bukanlah alat biologi biasa untuk Linux. Melainkan itu adalah lingkungan simulasi genetika populasi masa depan. Itu dapat menganalisis dan mensimulasikan masalah yang terkait dengan populasi. Oleh karena itu para peneliti di bidang biologi menggunakan alat ini untuk mensimulasikan penyebaran penyakit kompleks. simuPOP menggunakan Python sebagai bahasa skrip inti.
Fitur Utama simuPOP
- Ini memiliki opsi untuk melampirkan bidang informasi ke individu populasi.
- Ini memiliki batasan jumlah untuk jumlah set kromosom homolog atau parameter lainnya.
- Ini memiliki lebih dari 70 operator bawaan untuk analisis populasi.
- Antarmuka skrip lanjutan memberi pengguna kemampuan untuk menyesuaikan program ini.
- simuPOP memiliki sistem dokumentasi yang lengkap untuk pemula.
6. OTOT
MUSCLE adalah singkatan dari nama perangkat lunak asli MUSCLE MU beberapa S persamaan C perbandingan dengan L og- E harapan. Ini adalah alat biologi yang sangat populer untuk Linux, yang digunakan untuk membuat banyak keberpihakan urutan asam amino atau nukleotida. Selain itu, akurasi dan kecepatannya yang lebih baik membuatnya tetap unggul dari pesaing lain seperti ClustalW2 atau T-Coffee. Ini dianggap sebagai salah satu program tercepat dalam kategori ini.
Fitur Utama MUSCLE
- Ini mendukung tiga fungsi penilaian profil protein yang berbeda.
- MUSCLE menyediakan fitur pengoptimalan diagonal dan jangkar.
- FASTA format berbasis teks yang populer digunakan dalam alat ini sebagai file masukan dan keluaran.
- Menampilkan manfaat tambahan yang dapat menghasilkan file keluaran dalam berbagai format populer seperti LUSTALW, MSF, HTML, dll.
7. Pemandangan Laut
SeaView adalah perangkat lunak penyelarasan urutan ganda yang normal. Tetapi keistimewaannya adalah ia memiliki antarmuka pengguna grafis yang sangat bagus dan mudah digunakan. Paket ini digunakan sebagai backend untuk berbagai alat populer lainnya seperti Clustal Omega, Gblocks, dan PhyML. Fast Light Toolkit, umumnya dikenal sebagai FLTK, memberdayakan antarmuka pengguna program ini.
Fitur Utama SeaView
- Ini mendukung sebagian besar format file untuk pengurutan DNA dan protein, termasuk NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, dll.
- Pengguna dapat mengimpor file format FASTA eksternal untuk algoritme penyelarasan.
- Itu dapat menggambar pohon filogeni dan menghasilkannya dalam berbagai format umum seperti PDF, SVG, EPS, dll., untuk dicetak atau diterbitkan.
- SeaView memiliki pengunduh tertanam untuk mengunduh urutan genetik dari internet.
8. POHON-PUZZLE
POHON-PUZZLE adalah nama baru untuk perangkat lunak PUZZLE. Ini adalah alat biologi yang sangat populer untuk Linux. Ini awalnya adalah algoritma pencarian pohon berbasis konsol yang digunakan untuk analisis kumpulan data besar. Paket perangkat lunak TREE-PUZZLE ini dapat merekonstruksi pohon menggunakan algoritme yang dijelaskan oleh Strimmer dan von Haeseler.
Fitur Utama TREE-PUZZLE
- Menggunakan algoritme membingungkan kuartet.
- Alat ini dapat menetapkan estimasi dukungan untuk setiap cabang internal secara otomatis.
- TREE-PUZZLE dapat membuat pohon dengan memasukkan set pohon yang diberikan pengguna.
- Ini memiliki beberapa alat untuk melakukan uji statistik pada kumpulan data.
- Itu dapat memperkirakan parameter dan jarak berpasangan.
9. TreeView X
Ini adalah alat biologi open-source untuk membangun pohon filogenik. Perangkat lunak konstruksi pohon sangat penting dalam bidang biologi. Itulah mengapa ini dianggap sebagai alat biologi Linux yang bagus. Itu dapat membaca file pohon dengan format file yang berbeda.
Fitur Utama TreeView X
- Memiliki GUI yang kaya berdasarkan pustaka wxWidgets C++.
- Itu dapat mengekspor hierarki dalam berbagai format file berbasis gambar.
- TreeView X memiliki opsi pencetakan lanjutan bawaan yang membantu memformat nomor kertas cetak sesuai dengan kebutuhan pengguna.
- Fitur seret dan lepas meningkatkan produktivitas saat menggunakan alat ini.
10. UGEN
Ini adalah perangkat lunak biologi sumber terbuka untuk Linux. UGENE digunakan untuk analisis berbagai data biologis. Saat ini, sebagian besar digunakan untuk pengurutan genom. Data yang dianalisis dapat disimpan di penyimpanan komputer atau bahkan di database lab bersama. Antarmuka pengguna grafis dari alat ini membantu pengguna untuk mengoperasikan ini tanpa pengetahuan pengkodean sebelumnya. Selain GUI, ia juga memiliki antarmuka baris perintah lawas untuk digunakan.
Fitur Utama UGENE
- Pengguna dapat membuat dan menganotasi urutan protein dengan mudah.
- Ini dapat menggunakan beberapa inti CPU host dan dapat menggunakan kartu grafis terpisah.
- Memiliki integrasi bawaan dengan server bioinformatika populer seperti PDB, NCBI, dll.
- UGENE memiliki alat Primer3 terintegrasi untuk desain primer PCR.
- Menampilkan penampil kromatogram tingkat lanjut.
- Alat ini dapat mencari sinyal kompleks dengan ExpertDiscovery.
11. Primer3
Primer3 adalah salah satu perangkat lunak biologi paling populer untuk Linux. Ini adalah alat biologi sumber terbuka dan gratis untuk Linux di bawah lisensi GNU. Alat ini digunakan untuk memilih primer dari urutan DNA. Alat ini juga memiliki antarmuka pengguna web alternatif bernama Primer3 Plus bagi mereka yang tidak ingin memasangnya secara lokal.
Fitur Utama Primer3
- Pengguna dapat mengimpor/mengunggah file urutan di hampir semua format file populer.
- Urutan dapat ditempelkan dalam teks biasa.
- Ini memiliki banyak fitur penyesuaian di bawah kategori pengaturan umum dan lanjutan.
- Pengguna dapat memasukkan kualitas urutan di alat ini.
- Ada tab khusus untuk bobot penalti di alat ini.
12. Peramban Genom Terintegrasi
Seperti namanya, ini adalah peramban genom untuk desktop Anda. Ini adalah alat biologi gratis dan sumber terbuka. Perangkat lunak biologi untuk Linux ini dapat mencari urutan genom dari internet. Tentu saja, Anda dapat mencari data bioinformatika khusus ini melalui browser biasa. Tapi percayalah, browser khusus ini akan membuat alur kerja Anda jauh lebih cepat. Alat ini dibangun di atas Genoviz SDK, sebuah pustaka Java.
Fitur Utama Peramban Genom Terintegrasi
- Alat ini dapat membaca data dari banyak format file, termasuk BAM, BED, Affymetrix CHP, FASTA, GTF, PSL, dll.
- Pengguna dapat mengekspor hasilnya ke format apa pun yang dapat dicetak seperti SVG, PNG, atau bahkan PDF yang mudah digunakan.
- Fitur zooming dan scrolling yang dinamis dan real-time.
- Mendukung layanan web bergaya REST untuk fitur anotasi.
13. LAMPU
LAMMPS adalah salah satu alat biologi sumber terbuka paling populer. Singkatan singkatan dari “L skala besar A tomic/M olekuler M secara asif P aralel S simulator.” Ini adalah perangkat lunak dinamika molekul tujuan umum. Tapi saat ini, itu sangat digunakan dalam bidang penelitian biologi. Ini dikembangkan dan dikelola oleh Laboratorium Nasional Sandia. Perangkat lunak biologi Linux ini menggunakan Message Passing Interface atau protokol MPI untuk komunikasi paralel antar peneliti.
Fitur Utama LAMMPS
- Ini menggunakan struktur data efisien bernama Daftar Verlet untuk melacak partikel terdekat.
- Ini dapat memanfaatkan potensi penuh dari sistem komputasi paralel dengan membagi domain simulasi menjadi subdomain yang lebih kecil dan mendistribusikannya untuk setiap prosesor.
- Alat ini sangat portabel karena dibuat dalam C++.
- Dukungan bawaan untuk sistem rendering GPU CUDA dan OpenCL.
- Pengguna dapat memperluas fitur dan fungsi baru dengan mudah.
14. Ibu
Mothur adalah perangkat lunak biologi Linux yang terkenal di kalangan sarjana. Proyek perangkat lunak ini diprakarsai oleh Dr. Patrick Schloss dkk. Banyak publikasi penelitian biologi telah mengutip perangkat lunak ini sejauh ini. Alat sumber terbuka ini adalah pengolah data bioinformatika yang sangat efisien. Sebagian besar digunakan untuk analisis DNA mikroba yang tidak berbudaya.
Fitur Utama Mothur
- Itu dapat memproses data yang dihasilkan dari beberapa metode pengurutan DNA.
- Hampir semua metode populer didukung oleh alat ini, termasuk 454 pyrosequencing, Illumina HiSeq dan MiSeq, Sanger, PacBio, dan IonTorrent.
- Tidak ada alat lain yang dapat mengalahkan Mothur dalam menganalisis urutan gen 16S rRNA.
- Itu dikelola secara teratur oleh sekelompok sarjana biologi terkenal.
15. PathVisio
PathVisio adalah alat biologi sumber terbuka dan gratis untuk Linux. Ini digunakan untuk menggambar, mengedit, dan menganalisis jalur biologis. Ini memiliki banyak fitur berguna yang ada di dalam paket. Pengguna juga dapat menginstal fitur tambahan melalui plugin. Alat ini didasarkan pada Java, dan inilah mengapa alat ini dapat dipasang dengan mudah di platform apa pun, termasuk Linux.
Fitur Utama PathVisio
- Alat menggambar dan anotasi lanjutan untuk jalur.
- Ia bahkan dapat menganalisis berbagai jenis jalur biologis.
- PathVisio memiliki integrasi bawaan dengan WikiPathways untuk penerbitan yang lebih mudah.
- Alat sumber terbuka Cytoscape dapat dengan mudah diintegrasikan dengan alat ini.
- Ini dapat diintegrasikan dengan bahasa pemrograman lain melalui PathVisioRPC.
Pikiran Akhir
Seperti yang Anda lihat, ada banyak alat untuk berbagai keperluan yang dibutuhkan di bidang biologi. Biologi adalah bidang pengetahuan dan penelitian yang luas. Jadi jelas bahwa Anda tidak perlu menggunakan semua alat yang disebutkan di atas. Jika Anda mencoba daftar perangkat lunak biologi Linux pilihan ini, Anda akan mengetahui mana yang paling sesuai dengan karya Anda. Dan, jika Anda memiliki perangkat lunak favorit dalam kategori ini, Anda dapat memberi tahu orang lain dengan berkomentar di bawah.