Ada banyak alat bioinformatika Linux yang tersedia secara luas digunakan dalam bidang ini untuk waktu yang lama. Bioinformatika telah dicirikan dalam banyak cara; namun, ini sering didefinisikan sebagai kombinasi matematika, komputasi, dan statistik untuk menganalisis informasi biologis. Tujuan utama alat bioinformatika adalah untuk mengembangkan algoritme yang efisien sehingga kesamaan urutan dapat diukur dengan tepat.
Alat Bioinformatika Terbaik untuk Linux
Artikel ini ditulis dengan berfokus pada alat bioinformatika yang tersedia di platform Linux. Semua alat yang efisien telah dibahas dan ditinjau secara rinci. Selain itu, Anda akan menemukan fitur penting, properti, dan tautan unduhan dari artikel ini. Oleh karena itu, mari kita lalui.
1. meja kerja ge
geWorkbench dapat diuraikan dengan genome workbench adalah alat bioinformatika berbasis java yang berfungsi untuk genomik terintegrasi. Arsitektur komponennya memfasilitasi plug-in yang dikembangkan secara khusus yang akan dikonfigurasikan ke dalam aplikasi bioinformatika yang rumit. Saat ini, lebih dari tujuh puluh plug-in tersedia untuk mendukung, memvisualisasikan, dan menganalisis data urutan.
Fitur geWorkbench
- Ini disertakan dengan banyak alat analisis komputasi, yaitu, uji-t, peta yang mengatur sendiri, dan pengelompokan hierarkis, dan seterusnya.
- Hal ini ditampilkan dengan jaringan interaksi molekuler, struktur protein, dan data protein.
- Menawarkan integrasi gen dan jalur anotasi serta mengumpulkan data dari sumber pilihan untuk analisis pengayaan ontologi gen.
- Dalam fitur ini, komponen diintegrasikan dengan manajemen platform input dan output.
2. BioPerl
BioPerl adalah kumpulan alat Perl yang banyak digunakan di platform Linux sebagai alat bioinformatika untuk biologi molekuler komputasi. Ini terus digunakan dalam bidang bioinformatika menjadi seperangkat gaya CPAN standar. Alat bioinformatika Linux ini didokumentasikan dengan baik dan tersedia secara bebas dalam modul Perl. Karena berorientasi objek, modul-modul ini saling bergantung untuk menyelesaikan tugas.
Fitur BioPerl
- Dari basis data lokal dan terisolasi, alat bioinformatika ini mengakses data urutan nukleotida dan peptida.
- Itu memanipulasi urutan yang berbeda bersama dengan mengubah bentuk database dan catatan file juga.
- Ini berfungsi sebagai mesin telusur bioinformatika yang mencari sekuens, gen, dan struktur serupa lainnya pada DNA genom.
- Dengan membuat dan memanipulasi perataan urutan, ini mengembangkan anotasi urutan yang dapat dibaca mesin.
3. UGEN
UGENE adalah open source gratis dan seperangkat alat bioinformatika terintegrasi untuk Linux. Antarmuka penggunanya yang umum terintegrasi dengan aplikasi bioinformatika yang paling sering digunakan dan dikenal baik. Banyak format data biologis yang kompatibel dengan perangkatnya; dengan demikian, data dapat diambil dari sumber jarak jauh. Alat bioinformatika ini menggunakan CPU dan GPU multicore untuk memberikan performa semaksimal mungkin guna mengoptimalkan aktivitas komputasinya.
Fitur UGENE
- Pengguna antarmuka grafisnya menawarkan beberapa fitur, misalnya, visualisasi kromatogram, editor perataan ganda, serta genom visual dan interaktif.
- Ini membuka jalan bagi tampilan 3D dalam format PDB dan MMDB bersama dengan dukungan mode stereo anaglyph.
- Ini memfasilitasi tampilan pohon filogenetik, visualisasi Dot plot, dan desainer kueri dapat mencari pola anotasi yang rumit.
- Ini dapat membuka jalan bagi alur kerja komputasi khusus untuk perancang alur kerja.
4. Biojava
Biojava adalah open source dan dirancang khusus untuk proyek untuk menyediakan alat java yang diperlukan untuk memproses data biologis. Ia bekerja untuk kumpulan data yang jauh, misalnya, rutinitas analitik dan statistik, pengurai untuk format file umum. Selain itu, memfasilitasi manipulasi urutan dan struktur 3D. Alat bioinformatika untuk Linux ini bertujuan untuk mempercepat pengembangan aplikasi yang cepat untuk kumpulan data biologis.
Fitur Biojava
- Termasuk file dan objek kelas, ini adalah paket yang mengimplementasikan kode java untuk berbagai set data.
- Biojava dapat digunakan di berbagai proyek seperti Dazzel, Bioclips, Bioweka, dan Genious yang digunakan untuk berbagai tujuan.
- Ini berfungsi untuk parser file bersama dengan klien DAS dan dukungan server.
- Ini digunakan untuk membuat analisis urutan untuk GUI dan dapat mengakses database BioSQL dan Ensembl.
5. Biopython
Alat bioinformatika Biophython yang dikembangkan oleh tim pengembang internasional dan ditulis dalam program python digunakan untuk komputasi biologis. Ini menawarkan akses dalam berbagai format file bioinformatika, yaitu, BLAST, Clustalw, FASTA, Genbank, dan memungkinkan akses ke layanan online seperti NCBI dan Expasy.
Fitur Biopython
- Diakumulasikan dengan modul python yang bekerja membuat sequence dengan sifat interaktif dan terintegrasi.
- Alat bioinformatika ini dapat bekerja dalam urutan yang berbeda, misalnya, terjemahan, transkripsi, dan penghitungan bobot.
- Alat ini diperkaya secara eksklusif; dengan demikian, struktur protein dan format urutan dikelola secara efisien.
- Alat bioinformatika Linux ini berfungsi untuk penyelarasan; dengan demikian, standar dapat dibuat untuk membuat dan menangani matriks substitusi.
6. InterMine
InterMine adalah alat bioinformatika sumber terbuka untuk Linux yang berfungsi sebagai gudang data untuk mengintegrasikan dan menganalisis data biologis. Menjadi perangkat lunak, pengguna dapat menginstalnya di perangkat mereka dan menyediakan data di halaman web. Ini diyakini sebagai salah satu tabel data paling dinamis yang dapat dengan mudah menelusuri data, dan memuluskan cara memfilter data. Apa lagi kolom tambahan untuk membuka halaman laporan?
Fitur InterMine
- Ini berfungsi dengan satu objek, misalnya, gen, protein, atau situs pengikatan, dan beberapa daftar seperti daftar gen atau daftar protein.
- Dapat dioperasikan dalam berbagai bahasa; dengan demikian, berbagai kueri terkait informasi biometrik dapat dicari dalam beberapa bahasa.
- Dalam perangkat lunak ini, empat alat pencarian tersedia:pencarian template, pencarian kata kunci, pembuat kueri, dan pencarian wilayah.
- Mendukung berbagai format seperti Chado, GFF3, FASTA, GO &file asosiasi gen, UniProt XML, PSI XML, In Paranoid orthologs, dan Ensembl.
7. IGV
IGV, yang dijabarkan sebagai penampil genomik interaktif, diyakini sebagai salah satu alat visualisasi paling efektif yang dapat dengan mudah mengakses basis data genomik yang luas dan interaktif. Itu dapat menawarkan berbagai macam tipe data dengan anotasi genom bersama dengan data urutan berbasis array dan generasi berikutnya. Sama seperti Google Maps, ia dapat menavigasi kumpulan data dan memperlancar cara memperbesar dan menggeser genom dengan mulus.
Fitur IGV
- Ini menawarkan integrasi yang fleksibel dari rangkaian data genom yang jauh, termasuk pembacaan urutan yang selaras, mutasi, penyalinan nomor, dan sebagainya.
- Mempercepat untuk mengaktifkan eksplorasi real-time terkait set data pendukung yang sangat besar dengan menggunakan format file yang efisien dan multi-resolusi.
- Di antara ratusan dan, sampai batas tertentu, hingga ribuan sampel, memungkinkan visualisasi simultan dari berbagai jenis data.
- Memungkinkan pemuatan set data dari sumber lokal dan jarak jauh, termasuk sumber data cloud, untuk mengamati set data genomik milik sendiri dan yang tersedia untuk publik.
8. GROMACS
GROMACS adalah simulator molekuler dinamis yang disertakan dengan alat analisis dan bangunan. Ini adalah paket dengan keserbagunaan dan bermaksud untuk bekerja pada dinamika molekuler; misalnya, ia dapat mensimulasikan persamaan gerak Newton dari ratusan hingga ribuan partikel. Itu diprogram untuk bekerja pada molekul biokimia pada tahap awal, yaitu protein dan lipid, yang terikat dengan interaksi yang rumit.
Fitur GROMACS
- Alat informatika Linux ini mudah digunakan, berisi topologi dan file parameter, dan ditulis dalam teks jelas.
- Bahasa skrip belum digunakan; dengan demikian, semua program dioperasikan dengan opsi baris perintah antarmuka sederhana untuk file masukan dan keluaran.
- Jika terjadi kesalahan, maka banyak pesan kesalahan dan pemeriksaan konsistensi selesai.
- Semua program difasilitasi dengan antarmuka pengguna grafis terintegrasi.
9. Meja Kerja Taverna
Meja Kerja Taverna adalah alat sumber terbuka yang diprogram untuk merancang dan menjalankan alur kerja bioinformatika yang dibuat oleh proyek myGrid. Berbagai perangkat lunak dapat diintegrasikan dengan alat ini, termasuk layanan web SOAP dan REST. Ini berkolaborasi dengan organisasi berbeda seperti Institut Bioinformatika Eropa, Bank Data DNA Jepang, Pusat Informasi Bioteknologi Nasional, SoapLab, BioMOBY, dan EMBOSS.
Fitur Meja Kerja Taverna
- Ini sepenuhnya dirancang dengan alur kerja grafis untuk menemukan, mengembangkan, dan menjalankan alur kerja.
- Itu telah dirancang dengan alur kerja grafis sepenuhnya; selain itu, tab diskrit digunakan untuk desain.
- Anotasi diberikan untuk menjelaskan alur kerja, layanan, masukan, dan keluaran dengan fasilitas bantuan bawaan.
- Alur kerja yang digunakan sebelumnya disimpan dalam alat ini, meskipun dapat menyimpan alur kerja masukan yang digunakan dalam file.
10. EMBOSS
EMBOSS yang menyiratkan Suite Perangkat Lunak Terbuka Biologi Molekuler Eropa. Ini adalah paket perangkat lunak yang telah dikembangkan untuk kebutuhan komunitas biologi molekuler. Alat bioinformatika Linux ini dapat digunakan untuk tujuan yang berbeda. Misalnya, ini berfungsi dalam berbagai format data secara otomatis. Selain itu, dapat mengumpulkan data secara berurutan dari halaman web.
Fitur EMBOS
- EMBOSS disertakan dengan ratusan aplikasi, yaitu, penyelarasan urutan dan pencarian basis data cepat dengan pola urutan.
- Selain itu, ia memiliki identifikasi motif protein, termasuk analisis domain dan analisis pola urutan nukleotida.
- Toolkitnya telah dirancang dengan tepat untuk menangani aplikasi dan alur kerja bioinformatika.
- Ini telah diprogram dengan pustaka tambahan untuk menangani banyak masalah relevan lainnya juga.
11. Kluster Omega
Clustal Omega bekerja pada protein, dan RNA/DNA adalah program penyelarasan urutan ganda yang dirancang untuk tujuan umum. Secara efisien dapat menangani jutaan kumpulan data dalam waktu yang wajar; selain itu, ini menghasilkan MSA berkualitas tinggi. Dalam alat bioinformatika Linux ini, ada proses di mana pengguna harus meninggalkan urutan file dalam mode default. Itu diselaraskan dan dikelompokkan untuk menghasilkan pohon panduan, dan yang pada akhirnya memungkinkan pembentukan urutan penyelarasan progresif.
Fitur Kluster Omega
- Ini memfasilitasi perataan yang ada satu sama lain dan, terlebih lagi, menyelaraskan urutan ke perataan untuk menggunakan Model Markov tersembunyi.
- Ada fitur yang disebut penyelarasan profil eksternal yang mengacu pada urutan homolog baru untuk Model Markov tersembunyi.
- HMM digunakan untuk Clustal Omega untuk mesin pelurusan yang diambil dari paket HHalign dari Johannes Soeding.
- Clustal Omega memungkinkan tiga jenis input urutan:profil, menyelaraskan urutan, dan HMM.
12. LEDAKAN
Alat Pencarian Penyelarasan Lokal Dasar atau BLAST digunakan untuk menemukan kesamaan di antara sekuens biologis. Itu dapat menemukan kecocokan yang relevan antara urutan nukleotida dan protein dan menunjukkan kepentingan statistiknya. Urutan kueri disusun dengan berbagai jenis BLAST. Terlebih lagi, alat ini sebagian besar dibudidayakan untuk mengembangkan gen tak dikenal di berbagai hewan, dan memungkinkan pemetaan kumpulan data berbasis urutan melalui analisis kualitatif.
Fitur BLAST
- Nukleotida-nukleotida megaBLAST menawarkan untuk mencari dan mengoptimalkan jenis urutan yang sangat mirip.
- Selain itu, nukleotida-nukleotida BLASTN bekerja dengan cara yang sedikit berbeda saat mencari urutan jarak.
- Selain itu, BLASTP melakukan pencarian hubungan dan perbandingan protein-protein, dan formulanya digunakan untuk penelitian lain yang berbeda.
- TBLASTN berfokus pada kueri nukleotida terhadap set data protein, dan dapat menerjemahkan database dengan cepat.
13. Peralatan tidur
Perangkat lunak bioinformatika Bedtool adalah alat pisau tentara Swiss yang digunakan untuk analisis genomik jarak jauh. Aritmatika genomik menggunakan alat ini sangat luas yang berarti dapat menemukan teori himpunan dengannya. Misalnya, bedtools memfasilitasi satu untuk menghitung, melengkapi, dan mengacak berpotongan, menggabungkan interval genomik dari beberapa file, dan menghasilkan format genom tertentu seperti BAM, BED, GFF/GTF, VCF.
Fitur Bedtools
- Dalam alat bioinformatika Linux ini, masing-masing alat dirancang untuk melakukan tugas yang sangat sederhana, misalnya memotong dua file interval.
- Analisis yang rumit dan canggih dilakukan dengan menggunakan kombinasi peralatan tidur.
- Alat ini dikembangkan di laboratorium Quinlan Universitas Utah oleh peneliti kelompok.
- Karena ada banyak opsi dalam alat ini, alat ini dapat digunakan untuk berbagai keperluan di bidang bioinformatika.
14. Bioklip
Alat bioinformatika Bioclipse Linux yang didefinisikan dengan meja kerja untuk ilmu kehidupan adalah perangkat lunak sumber terbuka berbasis java. Ia bekerja pada platform visual yang mencakup kemo dan bioinformatika Eclipse Rich Client Platform. Ini ditampilkan dengan arsitektur plugin. Itu menyiratkan arsitektur plugin yang canggih terlebih lagi, fungsionalitas dan antarmuka visual dari Eclipse, seperti sistem bantuan, pembaruan perangkat lunak juga disertakan.
Fitur Bioclipse
- Urutan biologis, yaitu RNA, DNA, dan protein, diatur dengan bioklipse.
- Biojava juga membantu menyediakan fungsionalitas inti bioinformatika; editor grafis untuk perataan urutan juga.
- Ini digunakan untuk farmakologi dan penemuan obat bersama dengan situs penemuan metabolisme.
- Akhirnya, ini berfungsi pada fungsionalitas web semantik, menelusuri koleksi senyawa yang luas, dan mengedit struktur kimia.
15. Biokonduktor
Bioinformatika yang digunakan secara luas dalam platform Linux adalah alat bioinformatika sumber terbuka dan gratis, yang secara koheren digunakan dalam biologi medis untuk analisis throughput tinggi. Ini terutama menggunakan pemrograman R statistik; namun demikian, itu juga mengandung bahasa pemrograman lain juga. Perangkat lunak ini dirancang dengan berfokus pada beberapa tujuan; misalnya, ini bertujuan untuk membangun pengembangan kolaboratif dan memastikan penggunaan perangkat lunak inovatif secara maksimal.
Fitur Biokonduktor
- Perangkat lunak ini dapat menganalisis berbagai data, misalnya susunan oligonukleotida, analisis Urutan, flow cytometer, dan dapat menghasilkan basis data grafik dan statistik yang kuat.
- Memiliki vinyet dan dokumen di setiap paket dan Binocular dapat memberikan deskripsi berorientasi tugas dan tekstual dari fungsionalitas paket tersebut.
- Hal ini dapat menghasilkan data real-time terkait microarray pengaitan dan data genom lainnya bersama dengan metadata biologis.
- Selain itu, dapat menganalisis gen ekspres seperti LIMMA, cDNA Arrays, Affy Arrays, RankProd, SAM, R/maanova, Digital Gene Expression, dan sebagainya.
16. AMFORA
AMPHORA yang merupakan singkatan dari Automated Phylogenomic InfeRence Application adalah alat alur kerja bioinformatika sumber terbuka. Versi lain dari AMPHORA yang disebut AMPHORA2 memiliki bakteri dan 104 gen penanda filogenetik archaeal. Lebih penting lagi, ini berfungsi untuk membuat informasi antara kumpulan data filogenetik dan genetik yang bertemu.
Fitur AMPHORA
- Karena merupakan gen tunggal, AMPHORA2 adalah yang paling cocok untuk menyimpulkan komposisi taksonomi bakteri.
- Selain itu, ini juga dapat menyimpulkan komposisi taksonomi komunitas purba dari urutan senapan metagenomik.
- Awalnya, AMPHORA digunakan untuk menganalisis data metagenomik Laut Sargasso.
- Namun, saat ini, AMPHORA2 semakin banyak digunakan untuk menganalisis data metagenomik yang relevan dalam hal ini.
17. Anduril
Anduril adalah perangkat lunak bioinformatika berbasis komponen open source untuk Linux yang berfungsi untuk membuat kerangka alur kerja terkait analisis data ilmiah. Alat ini dikembangkan oleh System Biology Laboratory, University of Helsinki. Alat bioinformatika untuk Linux ini dirancang untuk memungkinkan analisis data yang efisien, fleksibel, dan sistematis, khususnya di bidang penelitian biomedis.
Fitur Abduril
- Ini bekerja dalam alur kerja di mana sistem pemrosesan yang berbeda saling terkait; contohnya; output dari suatu proses dapat berfungsi sebagai input dari yang lain.
- Alat Anduril utama ditulis dalam Java, sedangkan komponen lainnya ditulis dalam aplikasi yang berbeda.
- Dalam berbagai tahapannya, berbagai aktivitas terjadi, seperti; itu membuat data, menghasilkan laporan, dan juga mengimpor data.
- Konfigurasi alur kerjanya dapat dilakukan dengan bahasa skrip yang sederhana dan kuat, yaitu, Andurilscript.
18. Server LabKey
Server LabKey adalah pilihan utama bagi para ilmuwan yang digunakan di laboratorium untuk mengintegrasikan penelitian, menganalisis, dan berbagi data biomedis. Repositori data yang aman digunakan dalam alat ini yang memfasilitasi pembuatan kueri, pelaporan, dan kolaborasi berbasis web dalam berbagai basis data. Seiring dengan platform dasar yang diberikan, lebih banyak instrumen ilmiah dapat ditambahkan dalam aplikasi ini.
Fitur Server LabKey
- Server LabKey dilengkapi dengan semua jenis data biomedis. Misalnya flow cytometry, microarray, mass spectrometry, microplate, ELISpot, ELISA, dan seterusnya.
- Dalam alat ini, pipeline pemrosesan data yang dapat disesuaikan mengeksekusi semua aktivitas yang relevan.
- Ditampilkan dengan studi observasional yang mendukung pengelolaan studi peserta berskala besar dan memanjang.
- Proteomik digunakan untuk memproses data spektrometri massa throughput tinggi menggunakan alat khusus, yaitu, X! Tandem.
19. Ibu
Mothur adalah alat bioinformatika sumber terbuka yang banyak digunakan di bidang biomedis untuk memproses data biologis. Ini adalah paket perangkat lunak yang sering digunakan untuk menganalisis DNA dari mikroba yang tidak dikultur. Mothur adalah alat bioinformatika Linux yang dapat memproses data yang dihasilkan dari metode sekuens DNA, termasuk 454 pyro-sequencing.
Fitur Mothur
- Ini adalah perangkat lunak paket tunggal yang mampu menangani analisis data komunitas dan membuat urutan.
- Dukungan dokumentasi komunitas berskala besar dan bentuk dukungan lainnya disediakan dengan alat ini.
- Diyakini Mothur adalah alat bioinformatika paling terkemuka yang menganalisis urutan gen 16S rRNA.
- Komunitas khusus dan tutorial tersedia di alat ini untuk menginformasikan cara menggunakan Sanger, PacBio, IonTorrent, 454, dan Illumina (MiSeq/HiSeq).
20. VOTCA
VOTCA adalah singkatan dari Versatile Object-oriented Toolkit for Coarse-graining Applications, yang dicap sebagai alat bioinformatika yang efisien dengan paket pemodelan berbutir kasar yang terutama menganalisis data biologi molekuler. Ini bertujuan untuk mengembangkan teknik butiran kasar yang sistematis bersama dengan simulasi muatan mikroskopis untuk mengangkut semikonduktor yang tidak teratur.
Fitur VOTCA
- VOTCA terutama ditampilkan dengan tiga bagian utama:toolkit Butiran kasar, toolkit Pengangkutan Biaya, dan Toolkit Transport Eksitasi.
- Ketiga fitur inti berasal dari pustaka alat VOTCA yang mengimplementasikan prosedur bersama.
- VOTCA menggunakan metode kasar untuk mendapatkan hasil terbaik dari aktivitas yang relevan.
- Perangkat lunak ini dilengkapi dengan alat transportasi eksitasi tempat paket orca DFT didukung secara signifikan.
Pemikiran Terakhir
Untuk merangkum semuanya, perlu disebutkan di sini bahwa semua aplikasi bioinformatika yang disebutkan di atas digunakan secara luas di bidang ini. Alat bioinformatika Linux ini digunakan dalam ilmu kedokteran, farmakologi, penemuan obat, dan bidang yang relevan untuk waktu yang lama. Terakhir, Anda diminta untuk meninggalkan dua sen Anda terkait artikel ini. Terlebih lagi, jika menurut Anda artikel ini bermanfaat, jangan lupa untuk menyukai, membagikan, dan mengomentarinya. Komentar berharga Anda akan dihargai.