Kimia sama sekali bukan bidang sains yang membosankan. Jika Anda memiliki pengetahuan dasar yang kuat, Anda pasti akan menyukainya. Ada banyak program komputer untuk membuat pembelajaran kimia menjadi menarik. Di sisi lain, pekerjaan studi dan penelitian yang lebih tinggi di bidang kimia tidak dapat dilakukan tanpa menggunakan beberapa perangkat lunak. Tapi itu bukan tugas yang mudah untuk mendapatkan panduan perangkat lunak yang Anda butuhkan. Sebagian besar alat tidak berfungsi seperti yang diharapkan setelah dipasang. Untuk pengguna Linux di luar sana, menemukan perangkat lunak kimia Linux terbaik bahkan lebih melelahkan karena basis pengguna yang lebih kecil. Jadi jika Anda sedang mencari beberapa alat kimia sumber terbuka untuk Linux, Anda berada di tempat yang tepat.
Alat Kimia Terbaik untuk Linux
Program yang berbeda memiliki kegunaan yang berbeda. Beberapa bagus untuk pemula, sementara beberapa untuk pengguna tingkat lanjut. Sekali lagi, siswa kimia tingkat sekolah menengah tidak perlu menggunakan perangkat lunak penelitian kimia. Orang yang tepat membutuhkan alat yang tepat. Jadi, di sini kami telah membuat daftar berisi 15 alat Linux sumber terbuka terbaik untuk Anda. Daftar tersebut berisi perangkat lunak dari berbagai kategori untuk melindungi Anda.
1. Tomviz
Tomviz adalah alat kimia sumber terbuka yang populer untuk Linux. Ini terutama alat analisis data tomografi. Tomografi adalah metode pemotongan dan pencitraan benda tertentu dengan menggunakan gelombang tembus. CT scan adalah contoh yang baik dalam menggunakan prinsip tomografi. Tomviz dapat memvisualisasikan data tomografi dalam bentuk 3D. Ia bahkan dapat menggunakan Python untuk algoritme khusus untuk menganalisis data tomografi.
Fitur Utama Tomviz
- Menampilkan GUI yang indah untuk banyak perangkat rendering bawaan.
- Pengguna mendapatkan berbagai opsi penyesuaian dalam setelan visualisasi.
- Parameter setelan visualisasi dapat digunakan dalam kombinasi.
- Pengguna dapat menganimasikan keluaran visual akhir. Mereka juga dapat menyimpan sebagai file gambar atau video.
- Data yang dikumpulkan dapat dianalisis dengan algoritme yang ditentukan pengguna.
- Ini mendukung sejumlah besar format file untuk mengimpor dan mengekspor data.
2. Psi4
Ini adalah alat kimia Linux sumber terbuka. Ini terutama merupakan paket perangkat lunak kimia kuantum ab initio. Alat ini dapat mensimulasikan berbagai sifat molekuler dengan akurasi tinggi. Perangkat lunak kimia Linux ini ditulis dalam bahasa C++. Pengguna memiliki akses ke berbagai metode kimia kuantum menggunakan metode numerik dan algoritme bawaan perangkat lunak ini. Antarmuka Python lanjutan dari alat ini memungkinkan pengguna untuk menulis rutinitas mereka untuk komputasi kuantum.
Fitur Utama Psi4
- Ini memiliki fitur paralelisasi memori bersama yang memungkinkannya memanfaatkan potensi penuh dari mesin multi-core.
- Pengguna dapat mengotomatiskan tugas menggunakan modul perintah bawaan berbasis Python.
- Alat ini dapat dengan mudah mengenali dan mengeksploitasi subgrup Abelian terbesar dari grup titik molekuler.
- Kode alat ini sangat dioptimalkan sehingga dapat melakukan interaksi konfigurasi yang sangat berkorelasi.
- Itu dapat melakukan Koreksi Relativistik Skalar bersama dengan beberapa operasi lainnya.
3. PERMAINAN
GAMESS adalah perangkat lunak struktur elektronik molekul ab initio. Perangkat lunak kimia Linux ini adalah bagian tak terpisahkan dari kimia kuantum. Itu dapat menghitung berbagai jenis fungsi gelombang. Pengembang membagi kode asli menjadi dua versi berbeda bernama GAMESS-US dan GAMESS-UK. Ada beberapa perbedaan antara kedua versi ini karena keduanya banyak dimodifikasi. Di sini saya berbicara tentang perangkat lunak versi Inggris.
Fitur Utama GAMESS-UK
- Ini dapat bekerja dengan metode perhitungan yang berbeda seperti Direct SCF, Direct MP2, dan Direct RPA.
- Perangkat lunak ini menampilkan berbagai alat analisis bawaan, termasuk analisis Multipole Terdistribusi, analisis Natural Bond Orbital (NBO), analisis populasi Mulliken dan Lowdin.
- Pseudeupotensi lokal dan non-lokal bawaan dapat menghitung turunan kedua dari energi.
- Ini memiliki CCP1GUI bawaan untuk melihat data skalar dan vektor yang diperoleh dari pra dan pasca pemrosesan.
- GAMESS dapat berjalan lancar dalam sistem paralel untuk meningkatkan produktivitas.
4. MPQC
MPQC adalah singkatan dari nama asli alat kimia open-source bernama perangkat lunak Massively Parallel Quantum Chemistry. Itu dapat menghitung sifat-sifat molekul dalam metode kimia kuantum. Fokus utama alat ini adalah metode struktur elektronik banyak bodi, seperti coupled-cluster. Versi saat ini dikenal luas sebagai MPQC4 dan dapat berjalan pada sistem komputer paralel.
Fitur Utama MPQC
- Sumber alat ini memiliki desain berorientasi objek.
- MPQC mendukung pemrosesan paralel, yang meningkatkan kecepatan komputasi.
- Ini memiliki penganalisa geometri koordinat lanjutan yang terpasang dengan alat ini.
- Ini mendukung Hartree-Fock dan teori fungsional kepadatan untuk energi dan gradien shell tertutup, tak terbatas, dan umum terbatas.
- MPQC mendukung berbagai metode untuk teori orde kedua untuk energi dan gradien.
5. NWChem
NWChem adalah perangkat lunak kimia komputasi ab initio. Alat kimia untuk Linux ini dapat melakukan perhitungan rumit mengenai kimia molekuler. Seperti kebanyakan perangkat lunak penelitian bagus lainnya, ini mendukung sistem komputasi paralel. NWChem adalah alat yang dapat diskalakan, dan karenanya dapat digunakan dari PC rumahan hingga jaringan komputer berperforma tinggi. Ini menggunakan prinsip dinamika molekul klasik untuk simulasi struktur kimia molekul.
Fitur Utama NWChem
- Ini dapat menangani komputasi dalam metode klasik dan kuantum.
- Fitur penskalaan yang sangat produktif memungkinkannya beradaptasi dengan kumpulan ribuan prosesor.
- Ia dapat menentukan fungsi gelombang dan energi sistem benda banyak kuantum dalam keadaan diam dengan metode Hartree-Fock.
- NWChem mendukung koreksi relativistik dalam perhitungan dalam berbagai metode, termasuk Douglas-Kroll, Dyall-Dirac, spin-orbit, dll.
- Alat ini menggunakan kumpulan basis potensi semu dan gelombang bidang untuk melakukan penghitungan Teori Fungsional Densitas.
6. Avogadro
Avogadro adalah editor dan visualisator molekul tingkat lanjut. Ini adalah perangkat lunak kimia Linux lintas platform yang digunakan di beberapa bidang lain seperti fisika, biologi, dan ilmu material. Alat visualisasi ini memiliki mesin rendering canggih yang dapat dikembangkan melalui sistem plugin. Versi yang akan datang dari alat ini dilaporkan akan memiliki kemampuan skrip yang kuat untuk otomatisasi tugas.
Fitur Utama Avogadro
- Mendukung berbagai thread untuk tugas rendering dan komputasi.
- Alat ini memiliki dukungan bawaan untuk sel unit kristalografi.
- Itu dapat mengimpor file dari perangkat lunak populer, Open Babel.
- Pengembang dapat memperluas fungsionalitas menggunakan arsitektur pluginnya.
- Ini memiliki juru bahasa bawaan untuk skrip dengan bahasa Python.
- Menampilkan dokumentasi yang bagus untuk API-nya. Semua API tersedia untuk umum.
7. PyMOL
Seperti namanya, alat ini didasarkan pada bahasa Python. PyMOL menggunakan OpenGL untuk memvisualisasikan grafik molekuler. Alat kimia untuk Linux ini dapat melakukan visualisasi data molekuler secara real-time. Itu dapat menghasilkan gambar yang menakjubkan dan dapat menganimasikannya. Alat ini tersedia secara gratis di bawah lisensi GPL. Ini menyediakan API yang mudah digunakan untuk digunakan dalam aplikasi khusus.
Fitur Utama PyMOL
- Ini mendukung visualisasi tiga dimensi waktu nyata.
- Pustaka grafis OpenGL memungkinkannya melakukan perenderan standar publikasi berkualitas tinggi.
- PyMOL menampilkan alat animasi ekstensif untuk visualisasi video.
- Itu dapat menggunakan data refleksi untuk menghasilkan peta kerapatan elektron.
- Ini memiliki beberapa alat pengukuran bawaan, termasuk sudut, jarak, dll.
- Itu dapat membaca berbagai format file termasuk .pze, .pzw, .pse.gz, .psw.gz, dll.
8. CP2K
CP2K adalah perangkat lunak simulasi atom sumber terbuka dan gratis. Itu dapat mensimulasikan bahan dalam berbagai keadaan seperti padat, cair, mengkristal, dll. Ini sangat digunakan dalam berbagai bidang sains, termasuk fisika, kimia, dan biologi. Perangkat lunak kimia Linux ini dapat melakukan struktur elektronik molekul dalam metode penskalaan linier dan paralel. Ini menampilkan modul QUICKSTEP untuk melakukan berbagai metode ab initio.
Fitur Utama CP2K
- Ia menggunakan teknik DFT untuk pemodelan mekanika kuantum komputasional.
- Alat ini dapat menentukan energi sistem banyak benda kuantum dalam keadaan diam dengan metode Hartree-Fock.
- Ini mendukung beberapa teori orde kedua untuk penghitungan energi dan gaya.
- CP2K dapat memperluas fungsionalitas kepadatannya melalui pustaka fungsional LibXC.
- Alat ini dapat menghitung energi satu titik, pengoptimalan geometri, dan frekuensi.
9. Buka Babel
Open Babel juga dikenal sebagai kotak peralatan kimia. Banyak alat kimia bergantung pada paket perangkat lunak ini. Alat kimia sumber terbuka ini dapat membaca dan mengedit file data kimia. Karena ini adalah proyek kolaboratif, publik dapat mencari, mengonversi, menganalisis, atau menyimpan data ke sistem perangkat lunak ini. Open Babel dapat mengonversi banyak format file yang digunakan dalam area terkait pemodelan molekul. Ini memiliki antarmuka baris perintah, dan kompatibel dengan perangkat lunak populer lainnya.
Fitur Utama Open Babel
- Ini memiliki alat bawaan untuk mengonversi file serta mencari molekul.
- Berbagai macam format file data bahan kimia didukung oleh alat ini.
- Alat ini dapat mengenali jenis file yang diimpor secara otomatis. Jadi pengguna tidak perlu mendefinisikannya.
- Fitur konversi batch menghemat waktu dan meningkatkan produktivitas.
- Mendukung semua prinsip dasar mekanika molekuler.
- Pengguna dapat menambah atau mengurangi Hidrogen untuk simulasi yang lebih baik.
10. Gabedit
Seperti alat kimia lainnya untuk Linux, Gabedit bukanlah perangkat lunak tunggal. Sebaliknya itu adalah paket perangkat lunak lengkap berbasis GUI termasuk Gamess-US, Molcas, Gaussian, MPQC, Molpro, dll. Dengan demikian ia dapat melakukan berbagai tugas yang berkaitan dengan kimia komputasi. Dari berbagai jenis analisis hingga rendering visual, Gabedit membantu Anda.
Fitur Utama Gabedit
- Set alat ini mendukung hampir semua format file utama terkait data kimia.
- Ini dapat menampilkan hasil analisis yang berasal dari perangkat lunak kimia yang berbeda secara grafis.
- Alat visualisasi data memiliki parameter penyesuaian yang berbeda.
- Data grafis yang dirender dapat dianimasikan dan diekspor sebagai file video.
- Alat ini dapat membaca data orbital dari file GENNBO.
- Ini memiliki dukungan bawaan untuk perangkat lunak kimia populer, NWChem.
11. Jmol
Jmol adalah nama alat kimia sumber terbuka. Ini adalah penampil gambar 3D berbasis Java. Alat ini banyak digunakan dalam melihat struktur kimia tiga dimensi. Ini tidak hanya digunakan dalam analisis atau penelitian. Melainkan ini adalah alat ramah pemula yang dapat digunakan dalam mengajar di tingkat manapun. Selain kimia, alat ini digunakan dalam bidang fisika, biologi, dan ilmu material.
Fitur Utama Jmol
- Ada applet bernama JmolApplet yang dapat diintegrasikan dengan halaman web. Alat ini sangat berguna untuk menyempurnakan kursus atau tutorial online.
- Menjadi alat berbasis Java, alat ini berjalan di mesin Linux apa pun tanpa kerumitan apa pun.
- Itu dapat merender grafik 3D tidak peduli seberapa kuat unit pemrosesan grafisnya.
- Alat ini mendukung berbagai format file molekuler, dari yang paling populer hingga format eksklusif.
- Jmol dapat menganimasikan output grafis yang berasal dari struktur molekul.
- Itu dapat mengekspor grafik dalam berbagai format file yang biasa digunakan.
12. Kalsium
Kalzium adalah perangkat lunak kimia yang cukup mendasar untuk Linux. Tetapi sangat berguna sehingga setiap siswa sekolah menengah harus menginstalnya ke dalam mesin mereka. Paket perangkat lunak ini berisi semua informasi dasar tentang elemen, dan bahkan ada tabel periodik lengkap yang sudah ada di dalamnya. Anda juga akan mendapatkan penampil molekul 3D, pemecah persamaan kimia, dan alat berguna lainnya.
Fitur Utama Kalzium
- Pengguna dapat melihat tabel periodik berfitur lengkap dengan cara lama.
- Tabel periodik dapat diurutkan menurut kelompok, blok, dan keluarga.
- Pemecah persamaan kimia bawaan membantu menyelesaikan persamaan kompleks.
- Pengguna dapat memvisualisasikan struktur molekul tiga dimensi dari berbagai format file kimia.
- Kronologi adalah fitur yang menarik untuk mengetahui riwayat elemen apa pun.
13. XDrawChem
XDrawChem adalah perangkat lunak visualisasi dua dimensi. Alat kimia sumber terbuka ini dapat memvisualisasikan struktur dan reaksi kimia. Anda mungkin sudah tahu tentang alat berbayar populer, ChemDraw. XDrawChem memiliki fungsi yang hampir mirip tanpa biaya sama sekali. Ini kompatibel dengan berbagai format file. Pengguna dapat mengekspor gambar dalam format PNG dan EPS populer.
Fitur Utama XDrawChem
- Itu dapat mendeteksi komponen yang berbeda dan menyelaraskannya secara otomatis saat menggambar.
- Ia memiliki pustaka struktur bawaan yang sangat besar dari hampir semua asam amino dan nukleat standar.
- Pengguna dapat mengunduh informasi struktur dari server berdasarkan parameter yang berbeda.
- Perangkat lunak kimia Linux ini dapat membaca dan menulis format apa pun yang didukung oleh rilis terbaru Open Babel.
- Pengguna memiliki opsi untuk menambahkan fungsionalitas menggambar 3D dengan menginstal alat BUILD3D.
14. GROMACS
Alat kimia untuk Linux ini adalah simulator untuk membangun dan menganalisis dinamika molekuler. Ini adalah alat yang sangat fleksibel yang digunakan di berbagai bidang sains dan teknik terapan. Itu dapat mensimulasikan dinamika molekul jutaan partikel. Untuk alasan khusus ini, ini sangat digunakan dalam reaksi biokimia di mana terdapat molekul protein dan lipid yang sangat besar. Pengembang berusaha keras untuk mengintegrasikannya dengan basis data bioinformatika.
Fitur Utama GROMACS
- Pengguna tidak perlu memiliki pengetahuan skrip sebelumnya. Ini menampilkan antarmuka pengguna yang mudah digunakan dan sederhana.
- Para pengembang menyediakan panduan pengguna gratis dalam format ebook untuk pemula.
- Fitur layar pemuatan lanjutan memberi Anda informasi terkait sisa waktu dan progres.
- Pengguna dapat menyimpan data lintasan menggunakan metode kompresi lanjutan.
- Alat lintasan dapat menghasilkan keluaran dalam grafik tenggang, dengan label sumbu, legenda, dll.
15. BKChem
BKChem adalah salah satu perangkat lunak kimia paling sederhana yang tersedia di luar sana. Alat ini gratis dan bersumber terbuka. Kode asli ditulis dalam bahasa Python. Ini adalah editor molekul dua dimensi. Namun terlepas dari itu, ini dipenuhi dengan banyak fitur.
Fitur Utama BKChem
- Pengguna dapat menggambar dari template untuk meningkatkan produktivitas.
- Alat gambar memiliki dukungan teks kaya dan warna.
- Pengguna mendapatkan semua fitur pengaturan dasar, termasuk perataan, rotasi, penskalaan, dll.
- Itu dapat mengekspor gambar ke SVG, EPS, PDF, dan hampir semua format populer.
- Pengguna dapat mengembangkan plugin mereka sendiri dengan menulis kode dengan Python dan XML.
Pikiran Akhir
Seperti yang saya katakan sebelumnya, ada banyak perangkat lunak kimia Linux yang dibuat oleh pengembang yang berbeda. Setiap paket berbeda dan memiliki tujuan. Untuk pekerjaan tertentu, Anda akan mendapatkan banyak alat alternatif. Sekali lagi beberapa alat memiliki keunikan tersendiri.
Daftar di atas dikuratori sehingga Anda akan mendapatkan gambaran tentang jenis perangkat lunak apa yang Anda perlukan untuk menyelesaikan pekerjaan Anda. Tetapi selalu lebih baik untuk mencoba perangkat lunak dalam jumlah maksimum untuk memenuhi kebutuhan Anda. Jika menurut Anda daftar ini bermanfaat, jangan lupa untuk membaginya dengan rekan dan kolega Anda. Dan, jika alat favorit Anda hilang, jangan ragu untuk menyebutkannya di bagian komentar.