tugas cron untuk dijalankan di bawah lingkungan virtual conda

Memposting solusi yang berfungsi (di Ubuntu 18.04) dengan alasan mendetail tentang SO.

Bentuk singkatnya adalah:

1. Salin cuplikan yang ditambahkan oleh Anaconda di ~/.bashrc (di akhir file) ke file terpisah ~/.bashrc_conda

Pada penginstalan Anaconda 2020.02, cuplikannya berbunyi sebagai berikut:

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/USERNAME/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/USERNAME/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

Pastikan bahwa:

• Jalur /home/USERNAME/anaconda3/ benar.
• Pengguna yang menjalankan cronjob memiliki izin baca untuk ~/.bashrc_conda (dan tidak ada pengguna lain yang dapat menulis ke file ini).

2. Di crontab -e tambahkan baris untuk menjalankan cronjobs di bash dan ke sumber ~/.bashrc_conda

Jalankan crontab -e dan masukkan berikut sebelum cronjob :

SHELL=/bin/bash
BASH_ENV=~/.bashrc_conda

3. Di crontab -e sertakan di awal cronjob conda activate my_env; seperti pada contoh

Contoh entri untuk skrip yang akan dieksekusi pada siang hari pukul 12:30 setiap hari pada juru bahasa Python dalam lingkungan conda:

30 12 * * * conda activate my_env; python /path/to/script.py; conda deactivate

Dan hanya itu.

Anda mungkin ingin memeriksa dari waktu ke waktu bahwa cuplikan di ~/.bashrc_conda terbaru jika conda memperbarui cuplikannya di ~/.bashrc .

Menemukan jawaban di stack over flow:

https://stackoverflow.com/questions/3287038/cron-and-virtualenv

Solusinya adalah merujuk python yang dapat dieksekusi di dalam lingkungan virtual itu sendiri. Dalam kasus saya, saya mengubah file bash untuk menjalankan executable ini:

/home/etlservice/anaconda3/envs/sql_server_etl/bin/python

Ini adalah solusi yang bekerja dengan baik untuk saya.

source /root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && \
conda activate <your_env> && \
python <your_application> &

Saya menggunakan miniconda dengan Conda versi 4.7.12 di Ubuntu 18.04.3 LTS.

Saya dapat menempatkan di atas di dalam skrip dan menjalankannya melalui crontab juga tanpa masalah.