Menginstal RLink di Linux

Saya telah menginstal R secara terpisah dan dapat melakukan :

InstallR["RHomeLocation" -> "/usr/lib64/R"]

Saya dapat menjalankan contoh yang diberikan dalam dokumentasi. Saya menggunakan Fedora 17 64 bit.

Saya juga mengalami masalah ini di Ubuntu 12.04, tetapi solusi ini tidak membantu saya. Saya pikir saya sudah menyelesaikannya. Saya menduga bahwa beberapa langkah saya tidak perlu (atau tidak perlu berbelit-belit) tetapi begini:

Pertama, buat skrip peluncuran R dan biner yang diinstal oleh Mathematica dapat dieksekusi. Saya tidak tahu apakah Mathematica benar-benar menjalankannya, tetapi ini memungkinkan saya untuk mengujinya.

 cd ~/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R/bin
 chmod +x R
 cd exec
 chmod +x R
 cd ..
 gedit R

atau editor teks apa pun. Skrip peluncur memiliki banyak referensi ke "/ Pengembang/leonids/" yang dikodekan ke dalam jalur. Saya mengganti baris berikut:

04 R_HOME_DIR=/home/{my username}/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R
35 R_SHARE_DIR="${R_HOME_DIR}/share"
37 R_INCLUDE_DIR="${R_HOME_DIR}/include"
39 R_DOC_DIR="${R_HOME_DIR}/doc"

Setelah ini, R masih tidak berfungsi dari baris perintah; itu mengeluh tentang tidak memiliki libg2c.so.0. Itu tidak tersedia di distro Ubuntu mana pun yang saat ini dikelola, tetapi saya melacak RPM:compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm.Jadi,

sudo alien compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm
sudo dpkg -i compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.deb

R terus mengeluh tentang hilangnya libg2c.so.0. Ternyata itu di tempat yang salah, karena Fedora 64 bit dan Ubuntu menyimpan perpustakaan mereka di tempat yang berbeda.

sudo cp /usr/lib64/libg2c.* /usr/lib/

Voila! R sekarang berfungsi dari baris perintah, dan RLink juga berfungsi.

Kebetulan, sepertinya libg2c pada dasarnya sudah tidak digunakan lagi sekarang, jadi idealnya, ini akan dihapus sebagai ketergantungan demi runtime FORTRAN yang lebih modern, mis. gfortran.

Apa yang saya duga terjadi adalah bahwa rasa Linux Anda tidak memiliki perpustakaan tertentu yang kami anggap standar, atau memiliki versi perpustakaan yang bertentangan dengan beberapa yang kami kirimkan dengan distribusi R internal. Sayangnya, tidak mudah untuk mendiagnosis perpustakaan mana yang bermasalah, tetapi saya akan mencoba menindaklanjutinya.

Situasi dengan Linux saat ini adalah sebagai berikut:kami mencoba yang terbaik untuk menguji berbagai distribusi Linux, tetapi cara kerja distribusi R default RLink sedemikian rupa sehingga pada beberapa distro Linux mungkin ada konflik versi pustaka, karena kami harus menambah distro R dengan pustaka dependen tambahan.

Kami melakukan pengujian di CentOS 5, dan juga di Ubuntu. Saya baru saja menguji ulang dan RLink berfungsi untuk saya di Ubuntu 10.04 32 bit yang berjalan di kotak virtual (VMWare). Dan, hampir pasti bukan Java, karena RLink menggunakan JVM yang disertakan dengan Mathematica. Apa yang akan kami lakukan untuk Linux adalah mengumpulkan berbagai masalah seperti itu, dan mencoba menyelesaikannya sebaik mungkin. Namun, beberapa masalah melekat pada Linux yang memiliki banyak rasa berbeda dengan pustaka inti yang agak berbeda.