AC_CHECK_HEADERS sebenarnya melakukan pemeriksaan kompilasi, bukan pemeriksaan keberadaan. Jadi, Anda harus menyetel dukungan C++ untuk pengujian kompilasi agar boost header dapat dikompilasi (defaultnya adalah C, docs here):
AC_LANG_PUSH([C++])
AC_CHECK_HEADERS([boost/foreach.hpp], [],
[AC_MSG_ERROR(You need the Boost libraries.)])
AC_LANG_POP([C++])
Ada juga kumpulan makro autoconf Boost di GNU Autoconf Archive. Anda mungkin membutuhkan setidaknya AX_BOOST_BASE. Makro lain untuk Boost lib lainnya juga ada.