Bio-Linux diperkenalkan dan dirinci dalam makalah Nature Biotechnology pada Juli 2006. Distribusi ini merupakan upaya kelompok oleh Dewan Riset Lingkungan Alam di Inggris. Seperti yang ditunjukkan oleh pembuat dan penulis, tuntutan analisis dari ilmu “-omic” (genomik, proteomik, metabolomik) dengan throughput tinggi telah mengharuskan pengembangan solusi komputasi terintegrasi untuk menganalisis kumpulan data eksperimen yang dihasilkan.
Dari kebutuhan inilah Bio-Linux lahir. Distribusi tersebut, menurut penciptanya, berfungsi sebagai “platform workstation bioinformatika gratis yang dapat diinstal pada apa saja mulai dari laptop hingga server besar.” Versi distro saat ini, Bio-Linux 8, dibangun di atas basis Ubuntu 14.04 LTS. Dengan demikian, tampilan dan nuansa umum Bio-Linux mirip dengan Ubuntu.
Dalam pekerjaan saya sendiri sebagai ahli imunologi penelitian, saya dapat membuktikan kebutuhan dan keberhasilan pendekatan perangkat lunak terintegrasi dalam desain dan pengembangan Bio-Linux. Bio-Linux berfungsi sebagai solusi turnkey sejati untuk kebutuhan pipa data sains modern. Seperti yang disebutkan situs web, Bio-Linux menyertakan lebih dari 250 paket perangkat lunak pra-instal, banyak di antaranya khusus untuk persyaratan analisis data bioinformatika.
Lebih banyak sumber daya Linux
- Lembar contekan perintah Linux
- Lembar contekan perintah Linux tingkat lanjut
- Kursus online gratis:Ikhtisar Teknis RHEL
- Lembar contekan jaringan Linux
- Lembar contekan SELinux
- Lembar contekan perintah umum Linux
- Apa itu container Linux?
- Artikel Linux terbaru kami
Kekuatan pendekatan ini menjadi nyata segera ketika Anda mencoba untuk menduplikasi proses instalasi perangkat lunak di bawah sistem operasi lain. Mengintegrasikan semua komponen perangkat lunak dan menginstal semua dependensi yang diperlukan sangat memakan waktu, dan dalam beberapa kasus bahkan tidak mungkin dilakukan di luar sistem operasi Linux. Distro Bio-Linux menyediakan lingkungan yang portabel, stabil, terintegrasi dengan perangkat lunak pra-instal yang cukup untuk memulai beragam tugas analisis bioinformatika.
Saat ini Anda mungkin berkata, “Saya telah terjual—bagaimana cara mendapatkan distro yang luar biasa ini?”
Saya senang Anda bertanya. Saya akan mulai dengan mengatakan bahwa ada dokumentasi yang sangat baik di situs web Bio-Linux. Dokumentasi ini mencakup petunjuk penginstalan dan gambaran umum yang sangat menyeluruh tentang penggunaan distro.
Distro dapat diinstal dan dijalankan secara lokal, menjalankan CD/DVD atau USB, diinstal pada server, atau kehabisan lingkungan mesin virtual. Untuk memulai proses instalasi untuk instalasi lokal, unduh disk image atau ISO untuk distro Bio-Linux. Gambar disk adalah file 3,3 GB, dan tergantung pada kecepatan unduhan internet Anda, ini mungkin saat yang tepat untuk minum kopi atau tidur siang.
Setelah ISO diunduh, pengembang Bio-Linux merekomendasikan penggunaan UNetBootin, paket perangkat lunak lintas platform yang tersedia secara gratis yang digunakan untuk membuat USB yang dapat di-boot. Ada tautan yang disediakan untuk UNetBootin di situs web Bio-Linux. Saya dapat membuktikan keefektifan UNetBootin di sistem operasi Mac dan Linux.
Pada sistem operasi keluarga Unix (Mac OS dan Linux), juga dimungkinkan untuk membuat USB yang dapat di-boot dari baris perintah menggunakan dd perintah:
[sudo umount “lokasi USB”
sudo dd bs=4M if="ISO location" dari ="USB location" conv=fdatasync]
Terlepas dari metode yang Anda gunakan, ini mungkin saat yang tepat untuk rehat kopi.
Pada titik ini dalam instalasi saya, UNetBootin tampaknya membeku di squashfs transfer file selama pembuatan USB yang dapat di-boot. Namun, pemeriksaan cepat aplikasi disk Ubuntu mengkonfirmasi bahwa file tersebut masih ditulis ke USB. Dengan kata lain, bersabarlah—membutuhkan waktu yang cukup lama untuk membuat USB yang dapat di-boot.
Setelah Anda meminum kopi dan memiliki USB yang sudah jadi, Anda siap untuk menggunakan Bio-Linux. Seperti yang ditunjukkan oleh situs web Bio-Linux, jika Anda mencoba menggunakan USB yang dapat di-boot dengan komputer Mac (terutama versi perangkat keras yang lebih baru), Anda mungkin tidak dapat melakukan boot dari USB. Ada solusi, tetapi mereka melibatkan konfigurasi sistem untuk boot ganda. Demikian juga, pada mesin berbasis Windows, mungkin perlu membuat perubahan pada urutan boot dan mungkin pengaturan boot aman untuk mesin dari dalam BIOS.
Dari titik ini, bagaimana Anda menggunakan distro terserah Anda. Anda dapat menjalankan distro dari USB untuk mengujinya. Anda dapat menginstal distro ke komputer Anda. Anda bahkan dapat mengikuti petunjuk di situs Bio-Linux untuk membuat instance VM dari distro atau menjalankannya di server. Terlepas dari bagaimana Anda menggunakannya, Anda memiliki stasiun kerja analisis data bioinformatika berdaya tinggi yang siap Anda gunakan.
Mungkin Anda memiliki kebutuhan profesional untuk tempat kerja seperti itu, tetapi bahkan jika Anda tidak pernah menggunakan Bio-Linux sebagai peneliti profesional, Bio-Linux dapat menyediakan sumber daya yang bagus bagi para profesional pengajar biologi di semua tingkatan untuk memperkenalkan prinsip-prinsip bioinformatika modern kepada siswa. Untuk harga laptop dan USB, setiap sekolah dapat memiliki sumber daya pengajaran in silico untuk melengkapi pelajaran kelas di era “-omics”. Satu-satunya batasan Anda adalah kreativitas dan kinerja perangkat keras Anda.
Selengkapnya tentang Linux
Sebagai sistem operasi open source dengan dukungan komunitas yang kuat, kernel Linux berbagi banyak kekuatan yang sama dengan upaya perangkat lunak open source yang sukses lainnya. Linux cenderung stabil dan dapat dikustomisasi. Ini juga cukup agnostik perangkat keras, mampu berjalan bersama sistem operasi lain pada beragam konfigurasi perangkat keras. Faktanya, menginstal Linux adalah metode umum untuk mendapatkan kembali kegunaan dari perangkat keras lama yang tidak mampu menjalankan sistem operasi modern lainnya. Linux juga sangat portabel dan dapat dijalankan dari perangkat penyimpanan eksternal yang dapat di-boot, seperti drive USB, tanpa perlu menginstal sistem operasi secara permanen.
Kombinasi stabilitas, kemampuan penyesuaian, dan portabilitas inilah yang awalnya menarik saya ke Linux. Setiap varian sistem operasi Linux disebut sebagai distribusi (atau distro ), dan sepertinya ada distribusi Linux untuk setiap skenario atau keinginan komputasi yang dapat dibayangkan. Pilihannya sebenarnya bisa agak mengintimidasi, dan saya curiga mereka mungkin sering membuat orang enggan mencoba Linux.
"Berapa banyak distribusi berbeda yang mungkin ada?" Anda mungkin bertanya-tanya. Jika Anda memiliki waktu beberapa menit, atau bahkan beberapa jam, lihat DistroWatch.com. Sesuai dengan namanya, situs ini dikhususkan untuk membuat katalog semua hal yang berhubungan dengan distribusi Linux. Untuk pelajar visual, ada silsilah keluarga Linux yang luar biasa yang benar-benar memberikan perspektif.
Sementara seluruh buku dikhususkan untuk topik distribusi Linux, perbedaannya sering bergantung pada perangkat lunak apa yang disertakan dalam instalasi dasar, bagaimana perangkat lunak dikelola, dan perbedaan grafis yang memengaruhi "tampilan dan nuansa" distribusi. Tentu saja, ada juga kehalusan kompatibilitas, kecepatan, dan stabilitas perangkat keras.