Bagaimana cara menginisialisasi ulang file /var/lib/mysql?

Anda seharusnya dapat menjalankan mysql_install_db dari baris perintah

mysql_install_db menginisialisasi direktori data MySQL dan membuat tabel sistem yang dikandungnya, jika tidak ada. Itu juga menginisialisasi tablespace sistem dan struktur data terkait yang diperlukan untuk mengelola tabel InnoDB. Pada MySQL 5.6.8, mysql_install_db adalah skrip Perl dan dapat digunakan pada sistem apa pun dengan Perl terpasang. Sebelum 5.6.8, ini adalah skrip shell dan hanya tersedia di platform Unix.

Silakan baca Dokumentasi MySQL secara lengkap untuk mysql_install_db , lalu ...

COBALAH!!!

Jika tidak berhasil pada percobaan pertama, lakukan ini

mkdir /var/lib/mysql
mkdir /var/lib/mysql/mysql
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql 

lalu jalankan mysql_install_db lagi

Untuk MySQL 5.7> cukup:

# Move or remove the original dir
mv /var/lib/mysql /tmp/mysql

# Create a new dir
mkdir /var/lib/mysql

# Change owner to mysql (user and group)
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql

# Create MySQL initial data
mysqld --initialize