Ya, itu aman. Tidak ada yang tidak aman tentang memiliki direktori tersembunyi di bawah /etc. Satu-satunya alasan rkhunter menandainya adalah karena program yang sah jarang melakukannya, dan ketika malware melakukannya, kecil kemungkinan Anda akan menyadarinya.
Aman dalam arti tidak, tidak akan membuat sistem tidak stabil, juga tidak akan membuatnya rentan dari sudut pandang keamanan.
Yang mengatakan, seperti yang ditunjukkan MechMK1, satu-satunya alasan untuk menggunakan direktori tersembunyi adalah agar tidak mengisi direktori pengguna dengan fluff yang tidak mereka pedulikan. /etc direktori, di sisi lain dimaksudkan mengandung bulu halus seperti itu, jadi saya tidak mengerti mengapa Anda ingin menyembunyikannya.
Karena alasan ini, ini bukan yang diharapkan tindakan dan rkhunter menandainya sebagai sesuatu yang mencurigakan yang hanya dilakukan malware. Tetapi Anda juga dapat melakukannya sepenuhnya, jika Anda menginginkannya.