Apa yang Anda cari disebut "deduplikasi". Meskipun biasanya diterapkan oleh vendor produk penyimpanan khusus, sistem file ZFS juga menerapkannya. Sebagian besar sistem operasi turunan Unix dapat menggunakan ZFS, dan oleh karena itu saya merekomendasikannya sebagai tempat pertama untuk mencari.
Network Appliance, Inc. memiliki kemampuan penyimpanan seperti ini selama bertahun-tahun, sebenarnya mereka memiliki keluhan yang diajukan ke Sun Microsystems untuk sistem file ZFS mereka, dan melakukan apa yang disebutkan Aaron Miller dalam jawaban yang diterimanya. Untuk apa nilainya, keluhan diselesaikan dengan Oracle setelah sekitar 3 tahun.
Saya telah menggunakan ini sebagai solusi korporat sejak tahun 2000, dan berhasil dengan baik. Biaya penyimpanan setelah 'salinan' pertama muncul setelah ada perubahan pada file. Jika tidak, dengan banyak 'salinan' hanya ada sedikit peningkatan untuk namespace.
Saya tidak berpikir ini menjawab pertanyaan tentang "tingkat sistem operasi" melainkan pada "tingkat sistem file".