Apa yang Anda cari adalah Standar Hierarki Sistem File. Jawaban atas semua pertanyaan yang Anda ajukan tercakup dalam FHS.
Sehubungan dengan penulisan aplikasi yang sesuai dengan distribusi Linux apa pun, Anda mungkin juga ingin melihat Spesifikasi Direktori Basis XDG. Ini lebih berorientasi desktop/pengguna.
Standar Hierarki Sistem File mungkin merupakan referensi terbaik di sini (lihat entri Wikipedia dan teks lengkap dalam berbagai format), seperti yang direkomendasikan oleh LSB. Meskipun tidak ada distribusi yang saya tahu benar-benar sesuai dengan standar, sebagian besar mendekati sehingga merupakan referensi yang baik untuk menentukan "praktik terbaik" Anda sendiri.
Ada struktur standar yang disebut Standar Hierarki Sistem File (FHS). Beberapa dist linux mematuhinya, beberapa tidak.
Secara sederhana, ketika berbicara tentang /usr dan /var, Anda dapat mengatakan bahwa /usr adalah file yang diinstal pengguna yang tidak berubah dan /var adalah untuk file yang berubah (spool, dokumentasi yang diformat). Ini agar Anda dapat, misalnya, me-mount /usr melalui jaringan dan memiliki beberapa komputer yang berbagi /usr/ "statis" dan memiliki /var lokal untuk file yang "dinamis".
Kutipan dari Panduan Administrator Sistem Linux:http://tldp.org/LDP/sag/html/dir-tree-overview.html
/usr/lib
File data yang tidak berubah untuk program dan subsistem, termasuk beberapa file konfigurasi di seluruh situs. Nama lib berasal dari library; awalnya pustaka subrutin pemrograman disimpan di /usr/lib.
/usr/local
Tempat untuk perangkat lunak yang diinstal secara lokal dan file lainnya. Distribusi mungkin tidak menginstal apa pun di sini. Itu dicadangkan semata-mata untuk penggunaan administrator lokal. Dengan cara ini dia benar-benar yakin bahwa tidak ada pembaruan atau peningkatan pada distribusinya yang akan menimpa perangkat lunak tambahan apa pun yang telah dia instal secara lokal.
/var/lib
File yang berubah saat sistem berjalan normal.
Anda dapat membaca lebih lanjut di http://tldp.org/LDP/sag/html/dir-tree-overview.html jika ada direktori lain yang ingin Anda ketahui.