Dalam dokumen Penumpang, bab "Instalasi umum, metode peningkatan dan penurunan versi:via RubyGems" membahas hal ini. Pada dasarnya, setelah permata Penumpang diinstal, nginx perlu dikompilasi ulang (dan kemudian digunakan sebagai pengganti nginx yum/apt-get-installed jika ada). Utilitas kompilasi/konfigurasi Penumpang "passenger-install-nginx-module" melakukannya untuk Anda (itu bagian dari permata Penumpang), dan secara otomatis menyertakan sakelar yang diperlukan untuk Penumpang. Ini juga memberi Anda opsi untuk menambahkan sakelar Anda sendiri (seperti untuk modul tambahan, atau untuk mengaktifkan/menonaktifkan fitur bawaan NGiNX).
Saya rasa masalah Anda adalah bahwa modul penumpang tidak ada di nginx.
Semua arahan yang bergantung pada penumpang yang telah Anda jelaskan (passenger_root, passenger_ruby, passenger_enabled) hanya tersedia bila modul penumpang dipasang ke nginx. Inilah mengapa Anda harus mengkompilasi nginx dengan --add-module='/path/to/passenger-3.0.9/ext/nginx' .
Sayangnya, saya tidak tahu metode apa pun untuk mengaktifkan modul penumpang tanpa menginstal ulang nginx. Namun, menurut http://wiki.nginx.org/Modules, "Modul Nginx harus dipilih pada waktu kompilasi.", jadi mungkin tidak ada cara untuk melakukannya.