featureCounts adalah program peringkasan membaca yang sangat efisien dan akurat.
Sintaks umum dari perintah ini adalah:
featureCounts [options] -a [annotation_file] -o [output_file] input_file1 [input_file2]
Jika Anda menemukan kesalahan di bawah ini:
featureCounts: command not found
Anda mungkin perlu menginstal paket subread sesuai dengan pilihan sistem operasi Anda:
| Distribusi | Perintah |
|---|---|
| Debian | apt-get install subread |
| Ubuntu | apt-get install subread |
| Kali Linux | apt-get install subread |
| Raspbian | apt-get install subread |
Paket Subread terdiri dari serangkaian program perangkat lunak untuk memproses data baca sekuensing generasi berikutnya termasuk:
- Subbacaan :pelurus baca tujuan umum yang dapat menyelaraskan pembacaan DNA-seq genomik dan RNA-seq. Ini juga dapat digunakan untuk menemukan mutasi genom termasuk indel pendek dan varian struktural.
- Subjunc :perata baca yang dikembangkan untuk menyelaraskan pembacaan RNA-seq dan untuk mendeteksi sambungan ekson-ekson. Peristiwa fusi gen juga dapat dideteksi.
- jumlah fitur :program perangkat lunak yang dikembangkan untuk menghitung pembacaan ke fitur genom seperti gen, ekson, promotor, dan bin genom.
- Sublong :pelurus panjang baca yang dirancang berdasarkan seed-and-vote.
- SNP persis :pemanggil SNP yang menemukan SNP dengan menguji sinyal terhadap suara latar lokal.